Certaines modifications ont été apportées au support des bases de données (MySQL et SQLite).
PHP 5 n'intègre pas les bibliothèques clientes MySQL par défaut, entre autres pour des raisons de licence. Pour plus d'informations, lisez la FAQ.
Il existe également une nouvelle extension, MySQLi (Improved MySQL), créée pour fonctionner avec MySQL 4.1 et supérieur.
À partir de PHP 5, l'extension SQLite est intégrée à PHP. SQLite est un moteur de bases de données embarqué, il ne s'agit pas simplement d'une bibliothèque cliente permettant de se connecter à un serveur de bases de données (comme MySQL ou PostgreSQL). La bibliothèque SQLite lit et écrit ses bases de données directement dans des fichiers sur le disque.